U crkvama služi se liturgija svetog Jovana, uz ritual velikog osveštavanja vode, koje prati praznično bogosluženje.

Običaji za Krstovdan nalažu da se krstovdanska vodica deli okupljenim vernicima, a potom i da se preko cele godine čuva u kući kao simbol dobrog zdravlja. Voda se moli da izbavi od grehova, da isceli i očisti dušu i telo i da sa verom leči i štiti.

Za Krstovdan majke deci prave znak krsta na čelu od osveštanog ulja, a krstovdansku vodu čuvaju i njom po potrebi umivaju decu tokom cele godine.

Na današnji dan je dobro srediti kuću i tako je pripremiti za zimu, u suprotnom, veruje se da će vam cele godine sve ići naopako. Treba oprati sav veš i postiti strogo, pa u srpskom narodu postoje izreke: „Ko se krstom krsti, taj Krstovdan posti“ i „Na Krstovdan i vojska posti“.

Krstovdan je jedan od najvećih pravoslavnih praznika, pa se veruje da i vreme na taj može predvideti čitavu narednu godinu. Vetar koji duva danas će najčešće duvati tokom godine.

U Sremu se govorilo da se ovoga dana vetrovi krste (tj. ukrštaju, duvaju jedan drugome u susret), pa koji nadjača.

U nekim krajevima postoji običaj da se uoči praznika krst stavi u vodu i unese u crkvu. Ako se krst smrzne, veruje se da će godina biti rodna i zdrava, a ako se ne smrzne biće oskudna i bolešljiva.